Botha adalah penyokong kuat Parti Kebangsaan dan pemisahan perkauman serta sistem aparteid. Beliau dipilih ke parlimen pada 1948 dan menjadi Menteri Pertahanan pada 1966. Sewaktu menjadi Menteri Pendidikan kaum Bantu, beliau telah membuat polisi kontoversi iaitu pengenalan bahasa Afrikaan di sekolah-sekolah. Ini telah mencetus kemarahan pelajar-pelajar kulit hitam yang menganggap bahasa ini sebagai bahasa "bangsa penindas". Pada 1976, para pelajar di Soweto telah merusuh dan ia berakhir dengan peristiwa berdarah di Soweto. Apabila Perdana Menteri B.J. Vorster meletak jawatan pada 1978, Botha menjadi penggantinya.

Pada 1983, perlembagaan Afrika Selatan diubah dan jawatan Perdana Menteri ditukar kepada Presiden. Botha menjadi Presiden Eksekutif pertama di Afrika Selatan pada 1984.

Sebagai presiden, Botha mempunyai cita-cita yang besar termasuk memulakan program senjata nuklear dan penaklukan negeri jiran di Namibia. Beliau juga telah melancarkan operasi ketenteraan terhadap Angola pada tahun 1981. Gaya kepimpinannya yang autoritarian telah menjadikan beliau tidak popular di negara-negara barat. Ramai yang menuduhnya sebagai pemimpin yang zalim dan diktator yang mengamal rasisme. Malah kerajaan di Amerika Syarikat dan United Kingdom hampir-hampir mengadakan sekatan perdagangan terhadap Afrika Selatan untuk melemahkan Botha dan regim minoriti kulit putihnya.

Walaupun begitu, perlaksanaan aparteid sewaktu oleh kerajaan Botha adalah tidak seteruk pemimpin sebelumnya. Sewaktu beliau berkuasa, Botha membenarkan perkahwinan berlainan bangsa dan juga memberi kebebasan berparti politik kepada kaum bukan kulit putih (tetapi tidak termasuk kaum kulit hitam). Beliau juga melonggarkan akta yang dipanggil "Akta Kawasan-kawasan Kelompok" ("Group Areas Act"), yang melarang kaum bukan kulit putih dari membuat penempatan di kawasan tertentu, dan memberi hak berpolitik terhad kepada kaum berwarna, iaitu kaum yang berasal daripada perkahwinan campur kulit putih dengan yang bukan putih) dan kaum berbangsa India. Namun beliau masih menolak idea memberi hak mengundi kepada kaum kulit hitam di Afrika Selatan. Botha hanya sanggup berkompromi dalam perkara aparteid yang tidak berkaitan dengan politik.